باکتری های فعال در فرآیند کمپوست سازی بصورت هوازی , اختیاری و اجباری در واکنش شرکت کرده و باعث تجزیه مواد میشوند.باکتریها نقش مهمی در تجزیه پروتئین ها, کربوئیدرات و قندها داشته و همچنین باعث تثبیت ازت در توده کمپوست میشوند.از نقطه نظر درجه حرارت میتوان باکتریها را به 3 دسته مهم سایکروفیلیک,مزوفیلیک و ترموفیلیک تقسیم نمود که هر کدام از آنها در دامنه خاص درجه حرارت قادر به رشد هستند.باکتریهای گروه سایکروفیلیک در دمای 0 تا 25 درجه قادر به فعالیت هستند.در حالیکه باکتریهای مزوفیل در حدود 25 تا 45 درجه و باکتریهای ترموفیلیک در دمای بالای 45 درجه قادر به فعالیت هستند.